Михаил Ефимович Николаев родился 13 ноября 1937 года в Октёмском наслеге (поселке) Орджоникидзевского района Якутии.
В 1961 году окончил Омский государственный ветеринарный институт (ныне Омский государственный аграрный университет им. П. А. Столыпина), в 1971 году — Высшую партийную школу при ЦК Коммунистической партии Советского Союза (КПСС).
После окончания института работал главным ветеринарным врачом Жиганского района Якутской АССР.
В 1961-1964 годах — первый секретарь Жиганского райкома Всесоюзного ленинского коммунистического союза молодежи (ВЛКСМ).
С 1964 по 1966 год был заведующим отделом комсомольских органов Якутского областного комитета ВЛКСМ.
В 1966-1969 годах — первый секретарь Якутского городского комитета ВЛКСМ.
С 1971 года являлся секретарем, с 1973 года — первым секретарем Верхневилюйского райкома КПСС (Якутия).
В 1975-1979 годах занимал должность заместителя председателя Совета министров Якутской АССР.
С 1979 по 1985 год — министр сельского хозяйства Якутской АССР.
В 1985-1989 годы — секретарь Якутского областного комитета КПСС. Курировал вопросы агропромышленного комплекса республики.
Неоднократно избирался депутатом Верховного Совета (ВС) Якутской АССР. В декабре 1989 года возглавил президиум ВС Якутской АССР.
В 1990-1991 годах — председатель Верховного Совета Якутской — Саха Советской Социалистической Республики (ССР).
В 1990 году на I Съезде народных депутатов РСФСР был избран в состав Конституционной комиссии, подготовившей проект Конституции РФ 1993 года.
20 декабря 1991 года Николаев победил на выборах президента Якутской — Саха ССР. За него проголосовали 76,7% избирателей. Второе место на выборах занял заместитель председателя Совета министров республики Иван Черов (7,3%). 27 декабря 1991 года состоялась инаугурация избранного президента. В этот же день регион был переименован в Республику Саха (Якутия).
Одновременно с февраля 1992 года по май 1993 года Николаев возглавлял правительство республики.
В 1993-2010 годах — член Совета Федерации Федерального собрания РФ. 12 декабря 1993 года был избран депутатом Совфеда РФ по Якутскому двухмандатному избирательному округу №14. С 1996 по 2002 год входил в верхнюю палату российского парламента по должности (в качестве главы республики). В 2002 и 2007 годах был наделен полномочиями члена Совета Федерации РФ от исполнительного органа власти Республики Саха (Якутия). В 1996-2001 годах занимал должность заместителя председателя комитета СФ по делам Федерации, Федеративному договору и региональной политике. В 2002-2010 годах — заместитель председателя Совфеда РФ.
22 декабря 1996 года Михаил Николаев вновь был избран президентом Якутии (баллотировался от группы избирателей Якутска), получив поддержку 58,96% голосов избирателей. Его ближайший соперник, депутат Палаты республики местного парламента Артур Алексеев (Народно-патриотический союз), набрал 25,46%. 29 декабря того же года Михаил Николаев принял присягу.
В 2010-2011 годах занимал должность государственного советника Республики Саха (Якутия).
В 2011-2016 годах — депутат Государственной думы РФ VI созыва. 4 декабря 2011 года был избран в Госдуму по списку партии «Единая Россия» (баллотировался под третьим номером региональной группы №14, Якутия). Входил в партийную фракцию, комитет Госдумы по региональной политике и проблемам Севера и Дальнего Востока.
После окончания депутатских полномочий в октябре 2016 года Николаев вновь был назначен государственным советником Якутии.
Награды и звания
Был награжден орденами Трудового Красного Знамени (1973), Дружбы народов (1986), «За заслуги перед Отечеством» II, III, IV степеней (2000, 1996, 2008). Был отмечен благодарностями президента РФ (1996, 2013).
Имел орден «Полярная Звезда» (высшая награда Якутии, 2007).
Заслуженный работник народного хозяйства Якутской АССР (1987).
Почетный гражданин Республики Саха (Якутия).
Почетный доктор Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова, Российского государственного педагогического университета им. А. И. Герцена, Российской экономической академии им. Г. В. Плеханова и др.